底薪计算加班费是否合法，需结合具体情况判断。以下分情形分析：
1. 若劳动合同明确约定以底薪为加班费基数，且底薪不低于当地最低工资标准，同时符合《劳动法》第四十四条规定的支付比例（工作日150%、休息日200%、法定假日300%），则合法。
2. 若底薪低于当地最低工资标准，即使合同有约定，以此计算加班费也不合法，因为工资及加班费基数均不得低于最低工资标准。
3. 若合同未明确约定加班费基数，仅约定底薪，通常应以员工实际工资（含底薪、岗位工资、绩效工资等固定收入）为基数，仅以底薪计算可能不合法。
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底薪计算加班费的合法性，还可能受特殊情形影响，具体如下：
1. 双方有加班费特别约定：若合同明确约定以底薪为基数，且底薪不低于最低工资标准、意思表示真实，该约定合法；但约定的加班费比例若低于法定标准，则无效。
2. 员工自愿加班且无安排：因非用人单位安排，用人单位无需支付加班费，故不存在以底薪计算是否合法的问题。
3. 综合计算工时工作制下：该岗位周期内总工作时间不超法定标准，某一日（周）超工时的部分视为延长工作时间，需按《劳动法》第四十四条第一款支付报酬，仅以底薪计算需结合周期内总工时判断合法性。
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底薪计算加班费存在法律风险，举例说明如下：
1. 基数不符合规定：若以低于实际工资的底薪计算加班费，员工权益受损。例如，员工月实际工资8000元（底薪3000元，岗位工资5000元），仅以3000元计算加班费，工作日1小时加班费约为
5.86元，若以实际工资计算则约为
8.97元，差额较大。
2. 底薪低于最低工资标准：若底薪低于当地标准（如某地最低工资2000元/月，实际仅支付1800元），即使按法定比例计算，员工基本权益仍受侵害，用人单位需补足差额并承担法律责任。
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依据《中华人民共和国劳动法》分析“底薪计算加班费是否合法”：
《劳动法》第四十四条规定：“有下列情形之一的，用人单位应按标准支付高于正常工作时间工资的报酬：（一）延长工作时间的，支付不低于150%的工资；（二）休息日工作且不能补休的，支付不低于200%的工资；（三）法定假日工作的，支付不低于300%的工资。”这里的“工资”通常指正常工作时间工资。若底薪为正常工作时间工资且不低于最低工资标准，以底薪计算加班费符合规定；若底薪非全部正常工作时间工资，或低于最低工资标准，则仅以底薪计算不合法。

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